鍾肇政以台灣原住民故事或原住民歷史故事為題材,創作了多部中、長篇小說,取材均依歷史史實或田野考察的紀錄,例如1930年賽德克族對抗日本殖民統治所爆發的霧社事件,就成為多部小說的主軸。代表作如《馬黑坡風雲》、《高山組曲》、《馬利科彎英雄傳》…等。這系列小說也顯示鍾肇政對台灣土地的關懷不局限於漢人社會與客家族群。